Stasiun Meteorologi Pattimura Ambon, berdiri sejak tahun 1974 saat penyerahan dari AURI ke Pusat Meteorologi dan Geofisika (PMG) dibawah pimpinan Bpk.Octavianus Leonard Uktolseya sebagai Kepala Stasiun dengan tenaga pengamat pada saat itu hanya satu orang saitu Sdr. Sugeng Tolani. Karena keterbatasan tenaga pengamat pada saat itu sehingga beberapa tenaga TNI AURI Pattimura Ambon masih diperbantukan untuk kelancaran tugas operasional beserta fasilitas penunjangnya berupa gedung operasioal yang sekarang tidak ada lagi dan lokasi stasiun kala itu berada di areal Bandara Udara Pattimura Ambon yang sekarang sudah berdiri bangunan VIP room pemerintah daerah Provinsi Maluku.
Kemudian pada tahun 1976 dibangun gedung permanen yang baru, berlaku di areal Bandara berdampingan dengan kantor Pensip dan Pertamina. Pada tahun yang sama dibangun juga sebuah gedung kantor bertempat di Kampung Baru Desa Laha yang sekarang digunakan sebagai gedung operasional Aerologi. Sehubungan dengan perkembangan, kemajuan serta perubahan manajemen Bandar Udara yang saat ini berstatus Penerbangan Sipil menjadi BUMN Angkasa Pura yang membutuhkan lahan yang cukup luas, maka atas kesepakatan bersama , pada tahun 2003 gedung kantor yang letaknya di samping kantor pensip dipindahkan ke samping kantor pemadam kebakaran dengan biaya Angkasa Pura yang sat ini menjadi tempat aktifitas seluruh pegawai.
Dalam rangka meningkatkan kinerja untuk jangka panjang, maka Stasiun Meteorologi Kelas II Pattimura Ambon memutuskan mengadopsi standar internasional Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2015, dan bertekad untuk mengembangkan dan menjalankannya secara konsekuen dan konsisten. Diharapkan dengan menjalankan sistem manajemen mutu ini organisasi dapat terus meningkatkan komitmen mutu dan memberikan kepuasan kepada pelanggan.
Terwujudnya Stasiun Meteorologi Pattimura Ambon Sebagai Pusat Pelayanan Informasi Meteorologi Yang Handal, Cepat Dan Terpercaya Di Provinsi Maluku.
Stasiun Meteorologi Kelas II Pattimura - Ambon sebagai salah satu unit pelaksana teknis (UPT) BMKG yang terletak di Komplek Bandara Pattimura, Jl. Dr. Leimena, Ambon, Tawiri, Teluk Ambon, Kota Ambon, Provinsi Maluku yang masuk dalam Balai Besar Wilayah IV – Makassar. Stasiun meteorologi ini memiliki tugas dan fungsi yang berdasarkan Peraturan BMKG Nomor 6 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika, Stasiun Meteorologi, Stasiun Klimatologi, dan Stasiun Geofisika pada BAB II pasal 8 dan Sesuai Peraturan Kepala badan Metorologi, Klimatologi, dan Geofisika Nomor 9 Tahun 2014 tentang Uraian Tugas Stasiun tertulis Stasiun Meteorologi mempunyai tugas yaitu melaksanakan pengamatan, pengelolaan data, pelayanan informasi, jasa meteorologi, dan pemeliharaan alat meteorologi. Dalam melaksanakan tugasnya, fungsinya sebagai berikut: